В романе две основные сюжетные линии: записки советского астрофизика Манохина, живущего в 1980-х гг., и дневник Мытарина, учащегося педагогического лицея XXI века. Манохин — диссидент по убеждениям, ненавидящий абсурд «советского образа жизни», но вынужденный приспосабливаться к условиям этой жизни. Мытарин же в целом вполне социален, однако не приемлет проявления радикализма, свойственные большинству его сограждан. В частности — стремление любой ценой ликвидировать молодежное объединение, напоминающее коммуны хиппи, заставить подчиниться общепринятым этическим установкам всех, кто вошел в это объединение. Оба героя неожиданно оказываются в поле деятельности некоего высшего существа — Демиурга.

Работа над романом «Отягощенные злом, или Сорок лет спустя» завершена, если верить авторской датировке, в 1988 году. Впервые он печатается журналом «Юность» — с июня по июль 1988 г. В 1989 г. издан в сборнике Стругацких.